5ㆍ16쿠데타 세력은 법률이라는 형식을 통해 통치과정의 정당성을 포장하려 하였으나, 이러한 법률들은 절차나 내용 모두에서 위헌적이었으며, 그 때문에 많은 사람들이 쿠데타 세력의 정치적 희생양이 된 것으로 밝혀졌다.
진실․화해를위한과거사정리위원회(위원장 안병욱, 아래 진실화해위)는 1961년 5ㆍ16 쿠테타에 성공하여 국가재건최고회의 등이 예비검속을 한 뒤, 특별법을 제정 적용해 당시 정당, 사회단체 간부 등을 처벌하는 등 인권을 침해한 사실을 밝혀냈다.
이같은 사실은 진실화해위가 <예비검속, 합수부설치 등에 관한 공문>, <국가재건최고회의 회의록>, <판결문>, <제4대 국회 양민학살사건진상조사보고서>, <학교별 교원사령원부> 등 자료조사와 신청인 및 당시 수사관 등의 진술을 통해 나타났다.
1961년 5월 16일, 박정희 소장을 비롯한 일부 군인들은 쿠데타를 일으켜 서울과 주요 도시를 접수하여 군사혁명위원회를 설치하고 ‘반공을 국시의 제일’로 하는 등의 혁명공약을 발표하며 전국에 비상계엄을 선포했다. 이어 6월 6일, 국가재건최고회의는 ‘국가재건비상조치법’을 제정하여 스스로 ‘헌법 또는 법률로써 규정할 사항은 국가재건최고회의령으로 정한다’라고 함으로써 입법, 행정, 사법에 관한 국가권력 전권을 장악하여 헌정 질서를 파괴했고, 또한 ‘업무의 신속한 처리’를 위해 의장에게 전권을 위임하기로 정함에 따라 의장인 박정희 소장은 단독으로 의사결정을 할 수 있게 되었다.
5ㆍ16직후 쿠데타 주도세력은 쿠데타의 성공여부가 불투명한 상태에서 쿠데타를 성공적으로 이끌기 위해 계엄령을 선포하고 4ㆍ19 이후 활발하게 사회활동을 벌인 진보적 인사들을 대대적으로 검거하고 이들을 사회 안정을 해치는 불순세력 또는 용공세력으로 몰아 부당하게 탄압하고 처형한 것으로 드러났다.
이를 위해 박정희 소장은 1961년 5월 17일 육군 방첩부대장에게 경찰이 입수하고 있던 ‘리스트’에 근거하여 용공분자들을 색출하라고 지시했으며, 5월 18일부터 군과 경찰 등 수사기관을 동원하여 민족일보사와 전국양민피학살유족회, 교원노조, 사회당 등 정당 및 사회단체의 주요 간부와 정치인 등 수 천명을 예비검속했다.
최고회의가 설치한 군ㆍ검ㆍ경 합동수사본부는 예비검속된 진실규명대상자들을 장기간 불법구금한 상태에서 가혹행위를 가하며 수사하였으며, 중앙정보부는 이들을 처벌할 법률도 없는 상태에서 ‘범법자분류심사위원회’를 설치하여 A(주동)ㆍB(행동)ㆍC(희박) 등급으로 분류하여 심사한 후에 A급을 혁명재판에 회부하여 처벌했다.
최고회의와 문교부 등은 4ㆍ19직후 교원노동조합에 가입하여 활동하다 5ㆍ16쿠데타 직후 예비검속으로 체포되어 수많은 사람들이 구속됐, 이 가운데 교원노조에 가입한 3,000여 명의 교사를 적법한 절차 없이 강제로 면직시켜 교직에서 추방했다.
또한 경찰은 한국전쟁기에 군ㆍ경 등에 희생된 사람들의 유골 및 합동묘와 위령비를 유가족의 동의도 없이 경찰이 강제로 훼손하여 없애 버린 것으로 확인됐다.
당시 피학살자유족회는 한국전쟁 당시 군․경에게 무고하게 학살당한 사람들의 유가족들이 가족들의 억울한 죽음을 밝히려는 진상규명 활동을 한 것뿐인데, 혁명재판소는 이들을 반국가행위자로 몰아 사형을 선고하는 등 무차별하게 탄압했고, 혁명검찰부와 혁명재판소는 피학살자유족회 간부들이 반국가행위를 하였다는 범죄사실의 확신을 주기 위하여, 경북피학살자 유족회장을 지낸 신석균을 ‘4ㆍ19이후 남파되어 유족회장으로 가장하여 밀약한 간첩’으로 왜곡․조작하여, 판결문에 적시하기도 했다.
그러나 당시 사건담당 주임검찰관과 심판관의 진술, 서대문형무소가 작성한 신석균의 사망장 기록 등을 통해 신석균은 서울중부경찰서에 수감되었다가 서대문형무소에 사망한 것으로 확인됐다.
전국유족회 사정위원이었던 이원식의 아들 이광달은 진실화해위원회 조사에서 “전쟁 후 10년이 지난 1960년 부친은 행방불명된 어머니의 억울함을 밝히려고 유족회를 결성해 위령제를 개최하고, 희생자들의 유골발굴을 주도하는 등의 유족회 활동을 하였다는 이유로 혁명재판소에서 특수반국가행위 혐의로 1심과 2심에서 사형을 선고받았다”고 진술했고, 당시 징역을 복역한 김봉철의 조카인 김용건은 진실화해위원회 조사에서 “아버지와 백부 3명은 제일 큰 아버지 김원봉이 월북했다는 이유로 1950년 7월경에 경찰에게 죽임을 당하였고, 큰 아버지 한 분은 1959년에서 1960년경 삼랑진 골짜기에서 위 김구봉을 포함한 동생 4명의 시신을 수습하며 피학살자들을 위령하는 장례식의 위원장을 맡았다는 이유로 1961년 5ㆍ16쿠데타 후 군사재판에 회부되어 징역 10년을 선고받은 사실이 있다”라고 진술했다.
당시, 혁명재판소에 사형 선고를 받은 민족일보 조용수 사장과 사회당의 최백근 조직부장은 1961년 12월 21일에 그 형이 집행됐으며, 함께 사형을 선고받았던 민족일보의 임원이었던 안신규와 송지영은 무기징역으로 감형되었음. 또한 피학살자유족회사건으로 이원식 전국유족회 사정위원도 사형을 선고받았다가 이후 무기징역으로 감형됐다.
이외에도 교원노조사건과 경북사회당사건의 경우, 이들은 당시 장면정부가 제정하려던 반공임시특별법(안)과 데모규제법(안)을 반대하고 남북학생회담회담을 지지했는데, 이를 혁명재판소가 반국가행위로 몰라 10년, 15년의 징역형을 선고했다.
진실화해위는 최고회의가 쿠데타 이후 한 달 여 만에 제정한 특수범죄처벌에관한특별법이 3년 6개월 전의 행위까지 처벌할 수 있도록 규정하고 있어, 당시 구헌법의 ‘소급효금지 원칙’에 정면으로 위배되는 것임을 확인했다. 이에 대해 당시 혁명재판소 한 심판관은 특별법이 소급법임을 알았지만, 심판관으로서 어쩔 수 없는 실정이었다고 진술했으며, 또 다른 심판관은 특별법의 소급규정에 대하여 항의하다가 혁명재판소 내 구치감에 수감되기도 하였다고 진술했고, 또한 당시 혁명검찰부의 한 검찰관도 예비검속 된 사람들의 범죄사실에 대하여 정확한 조사와 확인을 하지 않고, 경찰의 송치의견서 내용만을 원용하여 피고인들을 기소하였다고 진술했다.
진실화해위는 5ㆍ16쿠데타 주도세력이 불법으로 설치한 국가재건최고회의가 국가재건비상조치법, 혁명재판소및혁명검찰부 설치법 및 특수범죄처벌에관한특별법, 인신구속등에관한특례법 등을 제정한 행위는 근대 입헌국가의 기본원리인 국민주권주의 및 입헌민주주의에 정면으로 배치되는 것으로서 용인될 수 없는 것이라고 밝혔다.
또한 혁명재판소 재판을 2심제로 제한한 것도 재판을 받을 권리 등 국민의 기본권을 중대하게 침해한 것이며, 쿠데타 주도세력의 정치적 목적에 따라 설치된 혁명재판소가 ‘소급효금지의 원칙’에 위반되는 위 특별법을 그대로 적용하여 범죄사실에 대한 명확한 증거도 없는 상태에서 수많은 사람들에게 유죄를 선고하여 처벌한 것은 위법하다고 밝혔다.
따라서 쿠데타 주도세력의 정치적 목적에 따라 설치된 혁명재판소는 ‘소급효금지의 원칙’에 위반되는 특별법을 그대로 적용하여 범죄사실에 대한 명확한 증거도 없는 상태에서 피고인들에게 유죄를 인정하여 처벌한 위법이 있어 진실화해위는 국가에 대해 신청인과 그 유가족들에게 모두 사과하고 화해를 이룰 수 있는 적절한 조치와 재심 등의 조치를 취하는 것이 필요하고, 법원과 헌법재판소는 당시의 특수범죄처벌에관한특별법 등의 위헌성여부를 판단하고, 입법부는 별도의 특별법을 제정하여 5ㆍ16 쿠데타로 인한 인권침해 피해자들의 명예를 회복할 수 있는 기회를 부여하도록 권고했다.
5ㆍ16쿠데타 직후 강제면직된 이목, 윤복영, 주창석 및 함께 강제면직된 교사, 1963년 군무원이었던 오언덕의 강제면직에 대하여, 한국전쟁 중에 군경 등에게 무고하게 살해된 피학살자들의 유골 및 합동묘ㆍ비를 경찰이 강제로 훼손한 행위에 대하여 피해자들과 그 유족들에게 사과하고 명예를 회복시킬 수 있는 적절한 조치를 취할 것을 권고했다.